Até a década de 1960, em Sergipe como nos demais Estados, a Delegacia do Ministério da Agricultura no Estado funcionava com um colegiado integrado pelo Delegado , pelo diretor de defesa animal, pelo diretor de defesa vegetal e pelo diretor do Colégio Agrícola. Com a transferência do ensino agrícola federal do Ministério da Agricultura para o Ministério da Educação os engenheiros agrônomos passariam a influenciar menos a formação dos novos profissionais do setor agrícola. Aqui, a lei foi um meio de regulação de conflitos sociais, delimitando os campos dos saberes agronômico e educacional. O Decreto nº. 60.731, de 19 de maio de 1967, promoveu a transferência da Superintendência do Ensino Agrícola e Veterinário para o Ministério da Educação e Cultura, atribuindo-lhe a denominação de Diretoria do Ensino Agrícola – DEA até 1970, quando foi criado o Departamento de Ensino Médio – DEM . O Departamento gerenciou o ensino agrícola até o ano de 1973, quando então se implantou a Coordenação Nacional do Ensino Agrícola – COAGRI .
Depois que, a partir da segunda metade da década de 60, a ditadura militar desmontou a estrutura de ensino, pesquisa, extensão e controle da atividade agrícola no Brasil organizada pela ditadura de Getúlio Vargas, ocorreram algumas alterações profundas na agricultura brasileira. Em 1963, antes mesmo do início da ditadura militar, uma reforma administrativa havia extinguido as Inspetorias Regionais de Defesa Sanitária Vegetal, nas quais haviam se transformado os PDAs. As sucessivas pragas de bicudo praticamente extinguiram a cultura do algodão em Sergipe e nos demais Estados da região Nordeste. A vassoura da bruxa afetou profundamente a cultura cacaueira. Houve uma redefinição dos processos e das técnicas de produção do coco. A produção da cana de açúcar migrou de Sergipe e de outros Estados da região Nordeste para o Estado de São Paulo e outras áreas da região Sudeste.
Todavia, na década de 70, em pleno auge da ditadura militar, o Banco Mundial fez um financiamento para o ensino agrícola no Brasil com o objetivo de reorganizar sete escolas: uma no Rio Grande do Sul; uma em Jundiaí, no Estado de São Paulo; uma em Brasília; uma no Rio de Janeiro; uma em Pernambuco; uma em Belém, no Estado do Pará; e, uma em Sergipe.
Em 1990, após a extinção do Instituto do Açúcar e do Álcool, todos os imóveis e o pessoal daquela instituição foram incorporados pela Universidade Federal de Sergipe. Eram pesquisadores e técnicos especializados em cana-de-açúcar. Tal incorporação ofereceu as condições necessárias à criação do Núcleo de Estudos Agrários da UFS junto ao seu Departamento de Biologia. Foi este o embrião a partir do qual surgiu o curso de Engenharia Agronômica no Centro de Ciências Biológicas e da Saúde da UFS. (AGUIAR Netto, A. O. e MENEZES, I. C. “Histórico do Curso de Engenharia agronômica”. In: ROLEMBERG, Maria Stella Tavares e SANTOS, Lenalda Andrade (Org.). UFS: História dos cursos de graduação. São Cristóvão: EDUFS, 1999. p.287-293).
Criado em setembro de 1991, o curso formou a sua primeira turma, com vinte engenheiros agrônomos, em 1997. Desde aquele mesmo ano de 1997, um convênio celebrado com a Escola Agrotécnica Federal de São Cristóvão tem permitido que uma área de 166,8 hectares da fazenda desta última instituição seja utilizada como laboratório didático destinado ao desenvolvimento de atividades agropecuárias (AGUIAR Netto, A. O. e MENEZES, I. C. “Histórico do Curso de Engenharia agronômica”. In: ROLEMBERG, Maria Stella Tavares e SANTOS, Lenalda Andrade (Org.). UFS: História dos cursos de graduação. São Cristóvão: EDUFS, 1999. p.287-293.). Na área da fazenda funcionam um galpão para máquinas e equipamentos, uma estação agrometeorológica convencional e automática, casas de vegetação, reservatório de água e sistemas de irrigação. A área é utilizada também como unidade de produção agrícola, destinada a aulas práticas e campo experimental de pesquisa e extensão. Ali são desenvolvidos estudos sobre matéria orgânica, amendoim, cana de açúcar, abacaxi, maracujá, banana, laranja, coco, plantas medicinais e aromáticas, espécies florestais, produção de mudas, banco de germoplasma de mangaba, forrageiras, irrigação, conservação do solo e plantas de cobertura do solo.
Na Cidade Universitária Prof. José Aloísio de Campos, em São Cristóvão, o Departamento de Agronomia da UFS mantém laboratórios de Remediação de solos, Fitotecnia, Água e solo, Clínica Fitossanitária, Sementes Florestais, Entomologia agrícola e Florestal, Biotecnologia, Erosão e sedimentação.
Toda essa estrutura voltada para a pesquisa permitiu que, a partir de 2004, juntamente com a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária – Embrapa, o Departamento de Agronomia pudesse oferecer um curso de Mestrado em Agroecossistemas.
Segundo dados apresentados pelo pesquisador Antenor de Oliveira Aguiar Netto, durante seminário promovido pela Escola Agrotécnica Federal de São Cristóvão, em outubro de 2003, o Estado de Sergipe é o menor em área territorial, contudo 11% do Produto Interno Bruto (PIB) Estadual é proveniente da agricultura. A citricultura é a principal atividade agrícola de Sergipe e o beneficiamento do suco de laranja se apresenta como o principal produto da pauta de exportações agrícolas do Estado. Outra atividade importante é a sucro-alcooleira, que apresenta alta produtividade. O mesmo pesquisador afirma que, proporcionalmente, Sergipe é o maior estado do Nordeste em área irrigada, com cerca de 30.000 hectares, utilizados na rizicultura, horticultura e produção de tuberosas, além da fruticultura tropical.